Podczas polowania na owady, Nathan spotyka Szept, stworzenie, które daje mu zegarek, który pozwala mu zobaczyć swoich towarzyszy, Yo-Kai, którzy są zwykle niewidzialni dla ludzi. Następnie Nathan postanawia odkryć Yo-Kai i próbuje przekonać ich, aby robili wokół siebie dobrze, zamiast grać na ludziach.